1270 год. Прошло несколько лет, после Первой Северной войны и гибели ведьмака Геральта в погроме.
По необъяснимым причинам, Геральт оказывается жив, но его преследует странное существо.
Ведьмак теряет сознание в лесах близ крепости Каэр Морхен, - обители ведьмаков цеха Волка, к которому принадлежит он сам. Там товарищи находят его и приносят в крепость, где позже Геральт приходит в себя.

Пролог

Очнувшись, Геральт не смог вспомнить даже имён окружающих его людей. В ту же ночь на Каэр Морхен нападет группа неизвестных под предводительством двух магов с ужасающим на вид монстром — Химерой. По словам чародейки Трисс Меригольд, гостившей в это время в крепости ведьмаков, монстром управляет чародей Саволла, однако второго мага она не опознает. В ходе сражения выясняется, что разбойники (называющие себя Саламандрами) хотят разграбить крепость и заполучить секретные формулы ведьмаков. Битва разделяется на два фронта: внутренний двор и лабораторию.
У Геральта два выбора: пойти с другими ведьмаками уничтожить Химеру, либо помочь Трисс остановить Саволлу.

Геральт решает защитить лабораторию и идет туда с Трисс. Саламандры успевают (не полностью) ограбить лабораторию и уходят с секретами ведьмаков.

Саволла мертв, Химера повержена, Лео (самый молодой ведьмак, не прошедший все обучение) погиб от рук наёмного убийцы по прозвищу Профессор, враги скрылись со знаниями ведьмаков, Трисс их недооценила и без сознания. После битвы Ведьмаки готовят специальное снадобье для Трисс и, спустя некоторое время, чародейка приходит в сознание. После похорон Лео ведьмаки уходят из крепости и разделяются, чтобы отыскать и вернуть украденные свитки. Геральт едет на юг, в Темерию, где его обещает найти Трисс.

Глава 1

Геральт оказывается в предместьях Вызимы.
Город на карантине, в лечебнице вспышка чумы Катрионы.
Деревню же держит в страхе некий Зверь и его чудовищная свита - баргесты. Геральт, решив остановиться на ночлег в трактире, видит как призрачные псы напали на женщину и ребенка. Спасается только мальчик по имени Альвин, который сразу же пролявляет сверъестественные способности и входит в транс, вещая во дворе пророчество эльфской ведуньи Итлинны. Здесь же ведьмак встречает старую знакомку - медичку Шани. Она задержалась в предместьях помогая жертвам нападения Зверя, а теперь еще и занялась судьбой мальчика.
Ведьмак решает задержаться в предместьях, надеясь подзаработать и разузнать что-то про Саламандр.
В предместьях Геральт находит зацепки к следу Саламандр, который ведет в Вызиму, и упоминания о неком ведьмаке Беренгаре, который был там до него и "трусливо" сбежал, не справившись с работой. В процессе работы Геральт спасает алхимика Калькштейна от Саламандр, тем самым лишив бандитов алхимического оборудования, а так же узнает имя зерриканского чародея Азара Яведа - второго неизвестного чародея, напавшего на Каэр Морхен. А в ходе разрешения контракта на чудовищ ведьмак узнает много нового и неприятного о жителях, казалось бы, тихой и спокойной деревушки. Зверя призвала людская злоба и злые дела, он оказался квинтессенцией всех грехов и пороков жителей деревни. Деревенские же, во главе с местным капелланом Вечного Огня, обвиняют в своих бедах пришлую ведьму Абигайл, что живет на отшибе и приютила Альвина, помогая ему овладеть силами Истока, коим тот является. И снова ведьмаку приходится сделать трудный выбор: позволить толпе учинить самосуд и расправиться с ведьмой, или защитить ее.

Геральт собирает воедино все факты и решает принять сторону Абигайл.

Ведьмак понимает, что Одо — пьяница, который завидовал своему брату и убил его предательским образом, Харен Брогг ведёт дела с Саламандрами, Микула изнасиловал свою невесту, вследствие чего она покончила жизнь самоубийством, а Преподобный торгует детьми с Саламандрами, тайно переправляя их через пещеры в Вызиму. Ведьмак разбирается со Зверем, а после и с жителями деревни, которые виновны в его появлении, ведь последние не оставляют ему выбора. Абигайл благодарит Геральта, впрочем она тоже виновата тем, что продала яд девушке и бездействовала, зная обо всем, что происходит. Микула сообщает стражникам Вызимы о произошедшей в деревне бойне. Ведьмак попадает в Вызиму, но в качестве заключённого.

Глава 2

Геральт в тюрьме. Той же ночью, капитан стражи Храмого квартала — Винсент Мэйс — объявляет амнистию тому, кто сможет убить кокатрикса в канализации. Геральт решает убить чудовище и спускается в канализацию. Там его встречает рыцарь Ордена Пылающей розы — Зигфрид, которого тоже послали убить монстра. Зигфрид предлагает свою помощь ведьмаку.

Ведьмак и Зигфрид вместе убивают кокатрикса в канализации.

Зигфрид получает повышение и становится десятником. Он благодарит Геральта, позже помогая ведьмаку беспрепятственно попасть на дамбу, представив его стражникам как героя.
По совету Зигфрида, ведьмак обращается к местному детективу — Реймонду Марлоу. Разговор с детективом был весьма полезен: Марлоу имеет с бандитами личные счеты и обещает разузнать про Саламандр. Взяв предоплату, Реймонд советует ведьмаку самому поискать подозреваемых, а также допросить раненого бойца Саламандр. Под подозрением детектива и ведьмака находятся: банкир Голан Вивальди, барыга Талер, капитан стражи Винсент Мэйс, главарь бандитов Могила и алхимик Калькштейн. Допросить раненого бойца не удаётся, так как его отравляют.
Реймонд утверждает, что Азар Явед будет около старой башни на болоте, поэтому они должны срочно отправиться туда. После долгого расследования ведьмак находит ключевую улику на городском кладбище — тело настоящего Реймонда. Ведьмаку становится понятно, что тот, кого он принял за детектива, никто иной как Азар Явед в его личине. Алхимик Калькштейн просит ведьмака открыть старую башню на болоте. Ведьмак отправляется туда и добывает артефакты, необходимые для открытия башни, а вместе с этим ему приходится сделать и еще один выбор: на болотах он встречает скоя'таэлей, сформировавших военный лагерь, у которых назревает конфликт с рыцарями Ордена, и недавнего знакомого Зигфрида с рыцарями.

На болотах Геральт соглашается на разведку и выбирает сторону Ордена.

Согласившись разведать для Зигфрида и Ордена происходящее на болотах и сорвать сделку скоя'таэлей с гавенкарами (торговцами оружием с повстанцами), Геральт оказывается втянут в битву. Белки ждали рыцарей и их пришлось убить. Гавенкаров там не было и в помине.
После этого ведьмак открывает вход в башню и, вместе с детективом, Геральт отправляется к башне. Там Азар Явед принимает свой истинный облик, а из портала появляется Профессор. В ходе драки чародей признаёт, что недооценил ведьмака и оглушает его заклинанием, скрывшись в исчезающем портале.

Глава 3

Очнувшись в доме Трисс, Геральт наблюдает, как она беседует с незнакомой ему чародейкой с помощью зеркала. Трисс рассказывает ведьмаку о последних событиях. Она спасла его на болоте, после чего началось сражение между Орденом и скоя'таэлями. Трисс просит Геральта пойти с ней на светскую встречу, где собираются влиятельные особы, такие как Деклан Леуваарден, Талер, принцесса Адда и её адъютант — Родерик де Ветт. Ведьмаку не по душе подобные мероприятия, но всё же он соглашается.
По пути из дома Трисс ведьмак встречает Шани, которая просит Геральта помочь ей и договориться с Трисс о том, чтобы чародейка оставила мальчика Альвина в покое. Шани просит привести Альвина к ней и разрешить свой спор с чародейкой, заставляя ведьмака выбирать.

Геральт оставляет Альвина с Трисс.

Мальчик - сильный Исток, возможно помочь ему сможет только чародейка, поэтому Геральт позволяет ей продолжить учить Альвина. Позже на приеме , куда его пригласила Трисс Геральт заручается поддержкой купца Леуваардена (и его друзей) в борьбе с Саламандрами. Они узнают где находится база бандитов и ведьмак проникает туда. Там он выясняет, что Саламандры имеют каких-то общих друзей с Радовидом, молодым королем Редании, однако Радовид отказывает им в поддержке.
Расследуя дело Саламандр, Геральт узнает что в городе живет бестия - оборотень. Волколаком оказывается капитан стражи Винсент Мэйс, который незримо помогал ведьмаку все это время и в тайне использовал свою природу чтобы справляться с преступниками в Вызиме.

Геральт оставляет оборотня Винсента Мэйса в живых.

Выяснив, что Винсент Мэйс не бездушное чудовище и использует свое состояние в благих целях, ведьмак не лишает его жизни. Однако, и от предложения снять проклятие оборотень отказывается. Впрочем, позже ведьмака судьба сталкивает с проституткой Кармен, у которой роман с капитаном стражи и которая хочет ему помочь, попросив Геральта поискать способ снять чары с возлюбленного. Позже они с Кармен делают несколько неудачных попыток.

Винсент остается оборотнем (здесь на усмотрение игрока)

Вскоре мы узнаем, что в городе происходит ограбление банка краснолюда Вивальди (которому мы приносили письмо от скоя'таэлей и который отказался спонсировать восставших эльфов). Велерад, градоправитель Вызимы, просит Геральта помочь.

Геральт проникает в банк в одиночку, через склад, и помогает скоя'таэлям бежать

Это было тяжелое решение. Яевинн не оставляет ведьмаку нейтрального выбора, но предлагает бескровное решение конфликта - просит помочь им сбежать, очистив путь через канализацию от чудовищ, из-за которых они застряли здесь. Однако, из-за этого поступка ведьмак теряет доверие Ордена Пылающей Розы. Впрочем, заложники свободны, никто не ранен, а банк и документы на него возвращены законному владельцу - краснолюду Вивальди.

По итогам недавней ночной вылазки к Саламандрам, Геральт строит новый разговор с Леуваарденом, который просит ведьмака заручиться в их борьбе поддержкой Ордена Пылающей Розы или скоя'таэлей.

Ведьмак просит Яевинна помочь ему в борьбе с Саламандрами.

Хитросплетение истории с бандитами, приводит ведьмака к заговору с участием Принцессы Адды, которая является нанимателем Саламандр, против отца, а так же - к убийству одного из текущих врагов - убийцы Профессора. Адда не довольна раскрытием замыслов и приказывает своим людям убить ведьмака, но Геральта спасает Трисс, телепортируя того подальше, в Темноводье.

Глава 4

Геральт телепортирован на берег озера в Темноводье. Жители тех мест наблюдают появление древнего затонувшего города. Поговорив с ними, ведьмак узнаёт, что люди враждуют с подводными жителями. Геральт берется за разрешение этого вопроса, вновь узнавая что его опередил загадочный ведьмак, но на этот раз ведьмак все еще здесь. Геральт сталкивается с Беренгаром, которого расспрашивает о его связи с Саламандрами. Беренгар рассказывает о том, что на сотрудничество это был не согласен и сбежал. Так же Беренгар уступил Геральту право заняться контрактом на установление мира между людьми и водяными.
В деревне Геральт встречает своего знакомого парнишку Альвина, который нашел себе новый дом под опекой одной из дочерей солтыса - Алины. Расспросив Альвина о случившемся, Геральт выясняет что на дом Трисс напали Саламандры, которые искали  Альвина. Трисс смогла за себя постоять, а когда схватили Альвина, он смог неосознанно телепортироваться подальше, и оказался в Темноводье. Обратно возвращаться мальчик не захотел, решив остаться в деревне. Однако с парнем то и дело приключались странные дела, его сила Истока была слишком велика, чтобы ее игнорировать. Геральт дает Альвину двимеритовый амулет, чтобы обуздать его магию.
По просьбе жреца водяных и Владычицы Озера ведьмак убивает подводного монстра Дагона - причину конфликта. В награду ведьмак получает легендарный меч - Арондит. Кроме этой проблемы, в деревне есть еще несколько. Ведьмаку нужно разрешить проблему с полуночницей и полуденицей - двумя сестрами, погибшими здесь и вернувшимися неупокоенными духами. Обращаясь с местной знахаркой, место которой заняла старая щнакомая Абигайл, ведьмак узнаёт как расколдовать убитых сестёр. По счастливой случайности (его телепортировала Трисс) Геральт встречает в Темноводье своего друга - менестреля Лютика, и с его помощью расколдовывает сестер, давая им понять, что те мертвы.

Вскоре Геральта находит Беренгар и дополняет свою историю, рассказывая ее полностью, посвящая Геральта в то, что он навел Саламандр на лабораторию ведьмаков из-за своей ненависти к навязанной судьбе, и согласился выследить Альвина.

Геральт оставляет Беренгара в живых, отпуская его.

Уже на пути к отбытию обратно в Вызиму, Геральт наблюдает в деревне происшествие. Местные эльфы во главе со старой знакомой Геральта эльыфкой Торувьель берут в заложники жителей деревни. Карательный отряд Ордена Пылающей Розы, во главе с Белой Райлой, направляется истребить бунтующих эльфов. Пытаясь предотвратить бойню, Геральт пытается договориться с Торувьель и Райлой, но ничего толкового из этого не выходит. Эльфы не отпускают заложников, а рыцари самовольно нападают на эльфов. Тут ведьмаку снова предстоит выбрать как поступить.

Сохраняя нейтралитет, ведьмак покидает деревню, не вмешиваясь в бойню.

Спасая Альвина, Геральт покидает Темноводье и отплывает к Вызиме. Видя боюню и испугавшись, Альвин снова телепортируется и исчезает. На этот раз безследно.

Глава 4

Подплывая к Вызимской пристани, Геральт видит клубы дыма — горит Старая Вызима. На пристани его встречает капитан стражи Винсент. Банды Скоя'таэлей вступили в ожесточённую борьбу с рыцарями Ордена Пылающей розы. На улицах хаос, в этой бойне Геральт встречает странных существ мутантов. Геральт пробивается к старой Вызиме, где он встречает короля Фольтеста. Фольтест просит ведьмака расколдовать свою дочь Адду — от проклятия похожего на то, что когда-то уже было наложено.

Ведьмак успешно расколдовывает принцессу-стрыгу.

В благодарность за выполнение поручения короля Геральт узнаёт, где находится укрытие Яведа. На пути к тайному укрытию Саламандр, находящегося на болотах, граф де Ветт встаёт на пути у Геральта. Оказывается, что именно он повторно наложил проклятие на принцессу и ведьмаку ничего не остаётся, кроме как убить его. 
Геральт идет в логово Яведа. На подступах ведьмака встречают те же мутанты, которые являются делом рук Саламандр и их покровителей. Одним из таких монстров стала Райла, недавно убитая в сражении с эльфами. Позже, уже в своем логове зерриканский маг призывает на помощь смертоносное чудовище — Кащея. Ведьмак убивает одно чудовище за другим, после чего убивает и самого чародея. В битве к нему присоединяется Беренгар, переосмысливший свои дела и тоже разыскивающий Яведа. Перед смертью Явед называет имя своего нанимателя — им был Яков из Альдерсберга. Через зеркало, служившее для коммуникаций чародеев, Яков просит еще мутантов у Яведа, но затем видит Геральта. Ведьмак отправляется в Вызиму закончить дело, начатое им в Каэр Морхене, а Геральта и Берегара расходятся, на этот раз уже навсегда.

Эпилог

По возвращении к Фольтесту, Геральт поведал королю о предательстве Якова из Альдесберга и о том, что в повторном обращении его дочери в стыгу виновен граф де Ветт. Король просит ведьмака закончить начатый магистром мятеж. На пути к Якову ведьмак встречает Зигфрида, который ведёт за собой свору мутантов.

Ведьмак убеждает Зигфрида сражаться против Магистра. (мастерский произвол)

Передвигаясь по дорогам, они убивают несколько отрядов мутантов. Если ведьмак сохранял нейтралитет или принял поддержку ордена, то он встретит Яевинна с его отрядом «белок».
В убежище мутантов он наблюдает иную картину: большое количество крестьян пировали и развлекались, пока шла резня. Из разговора с Яковым Геральт понимает, что он — пленник своих фантазий. Дабы Геральт поверил Якову, он переносит его в своё видение, где сбылось пророчество Итлинны. Такое испытание было не по душе Геральту, но ловушка захлопнулась. Ведьмак пробрался на вершину горы, где его ждал Магистр. Сразив его, появляется Король Дикой Охоты, который требует от ведьмака душу Якова.

Геральт не отдаёт Якова из Альдерсберга Королю Дикой Охоты

Услышав отказ Король Дикой Охоты нападает на ведьмака и терпит поражение. Геральт остаётся вооружён только серебряным мечом. «Но это же меч против монстров?» — задаёт свой последний вопрос магистр. Ведьмак молча наносит завершающий удар... Очнувшись, Геральт забирает украденные секреты ведьмаков и направляется за наградой к Фольтесту. На теле поверженного Магистра он находит знакомый двимеритовый амулет и, кажется, начинает понимать, что Яков мог быть Альвином. Король награждает Геральта звонким мешочком с золотом. По пути из залы ведьмак обнаруживает убитую стражу, бежит обратно и вступает в схватку с таинственным убийцей. Ведьмак одерживает вверх и отрубает убийце руку. Геральт замечает у убиенного ведьмачьи глаза. Что это значило - покажет время, но убийца оставил за собой много вопросов без ответа.

Итоги

Казалось, конфликт между скоя'таэлями и Орденом Пылающей Розы разорвет королевство. Однако Фольтест, вернувший себе прежнюю силу и власть, принял решение позволить сторонам обескровить друг друга. Вместе с таинственной смертью Великого Магистра Орден потерял свою прежнюю мощь. Цвет эльфской молодежи погиб в сражениях на улицах Вызимы. В этой войне не было победителей. Темерия ослабла и ей теперь требовались ловкие дипломаты. Трисс Мэригольд стала советницей короля, а вместе с этим увеличилось и влияние чародеек.
Темерия и Редания заключили союз. Фольтест отдает свою дочь Адду в жены Радовиду V.
Новым Магистром Ордена стал Зигфрид из Дэнесле (мастерское допущение), человек высоких идеалов и чести.
Геральт ничего не вспомнил о своем прошлом, но живет дальше и все еще ищет способ вернуть память.